La estrategia institucional de la Federación de Iglesias Comunidad Cristiana de Fe, funciona dentro del principio de Teocracia de acción participativa, que es el principio de gobierno y funcionamiento bíblico neotestamentario. Se entiende por Teocracia de acción participativa, el gobierno de Dios implementando los principios y métodos de la Palabra escrita en la Biblia y la dirección del Espíritu Santo a través de los ministros, apóstoles, profetas, maestros, pastores y evangelistas, los intercesores, los ancianos gobernantes y los miembros de la iglesia con voz profética.

Esto significa que el Equipo de los apóstoles principales toman decisiones y diseñan las metodologías y esquemas de funcionamiento estratégico institucional, escuchando la voz profética de Dios a través de su propia oración, su deliberación en reunión y la escucha de la voz profética a través del cuerpo de Cristo. Es Dios quien gobierna y determina las estrategias y no las ideas y gustos de la gente, pero Dios habla a través del Espíritu Santo que puso en cada persona ungida de la iglesia.    

El Equipo Apostólico como máximo ente de dirección y gobierno de la Federación, se reúne para determinar la estrategia bíblica y la dirección del Espíritu Santo mas adecuada para los tiempos y la cultura actual, así como los cambios necesarios para ser mas eficientes y eficaces en cumplir la comisión de Jesucristo, después de haber orado y oído el sentir en consenso de la voz profética de los grupos representantes de la Federación. Escribirá y comunicará claramente lo dispuesto a toda Federación, cerciorándose de la debida retroalimentación de acuerdo y comprensión de lo comunicado.   

El Equipo Apostólico evalúa detalladamente y en forma periódica, el potencial de ministerio de todas las iglesias y ministros existentes, así como los nuevos ministerios con potencial emergente, con la finalidad de optimizar la expansión y crecimiento de la federación en todos los aspectos susceptibles de expansión y crecimiento.

El Equipo Apostólico se encarga de recopilar, examinar, determinar y desarrollar los métodos de evangelización, consolidación en la fe, encuentros, discipulado, formas mas adecuadas de las reuniones dominicales de celebración, funcionamiento básico de grupos de casa, escuelas de enseñanza y entrenamiento, metodología y protocolos de acción y comunicación, con la finalidad de instruir a todos los ministros y miembros para un funcionamiento lo mas uniforme posible dentro de la diversidad, pero con mínimas desavenencias. 

El equipo Apostólico delega en equipos de tarea conformados por colaboradores también llamados y reconocidos como ministros, la ejecución de la estrategia para todas las iglesias y ministerios de la Federación.

El Equipo Apostólico supervisa por sí mismo y por intermedio del equipo de colaboradores, la buena y sana doctrina que se predica y enseña en las iglesias, a través de su estructura de apóstoles regionales encargados de países y regiones. También supervisa el desempeño de los pastores y ministros en todos los ámbitos necesarios, como la conducta, la moral, el buen testimonio, la buena representación del evangelio de Jesucristo, las relaciones humanas internas y de ciudad, la expansión y crecimiento sano conforme al plan de Dios, etc..

Cada año se realiza un Avance Apostólico en un lugar de veraneo, con la finalidad de convocar a todos los ministros y pastores que dirigen a todas las iglesias de la Federación, con la finalidad de tener unidad y comunión en torno al Espíritu Santo y la Palabra de Dios, recibir ministración de parte del Equipo Apostólico y de ministros internacionales invitados, consolidar la unidad en torno a la amistad y compañerismo, conocerse personalmente y aprender unos de otros en un intercambio relacional, compartir la cena juntos y tener un espacio de descanso y recreación.

En la medida de la expansión y multiplicación se adoptarán nuevas estructuras de dirección y nuevos conductos regulares, ampliando los equipos de tareas,  para un óptimo funcionamiento y atención a todos los frentes de trabajo.